Kisha e Shën Shtjefnit, e ka origjinën pikërisht në ato kohë të largëta. Duke qenë e vendosur brenda mureve të Rozafës, kjo kishë pati privilegjin të ishte kishë e parë (katedrale), mes kishave e abacive të tjera që ngriheshin përherë e më të shumta jashtë perimetrit të mureve, aty ku shtriheshin lagjet e jashtme (suburbia) të qytetit.
Nuk dimë se cili ka cilit shënjtor i ishte kushtuar fillimisht kisha në Rozafë, por dimë që në shek. XIII, sundimi i princeshës katolike Helenë nga shtëpia frënge e Anzhuinëve, përkon me përhapjen në krejt këtë zonë të kultit të protomartirit Shën Shtjefni. Atë kohë ju dha ky emër kishës katedrale të qytetit buzë Bunës. Shën Shtjefni u shpall pajtor i qytetit dhe festa e Shën Shtjefnit kremtohej çdo vit me hapjen e një panairi të madh në sheshin para kishës, që grumbullonte tregtarët e gjithë zonës, përfshirë ata të ardhur nga Venediku e nga Republika e Raguzës.
Kisha e Shën Shtjefnit ishte pika kryesore e referimit për qytetin, për jetën fetare, ekonomike, kulturore madje edhe politike të tij. Statutet e Shkodrës, hartuar në shek. XIV, që u gjetën dhe u botuan para pak kohe, në një nen të veçantë të tyre thonë se në kishën e Shën Shtjefnit, nën tingujt e kambanave, mblidheshin çdo fund viti 30 këshilltarët e qytetit, bashkë me gjykatësit, për të zgjedhur organet bashkiake.
Ruajtja e mirëmbajtja e kishës së Shën Shtjefnit përbënte shqetësimin parësor të qytetarëve dhe të organeve komunale të qytetit,siç rezulton nga dokumente të shumta historike. Sipas tyre, në vitin 1319 u sollën me shpenzimet e qytetit tre marangozë nga Raguza për të riparuar pjesën e korit të kishës. Në vitin 1403, Këshilli i Vogël i Republikës së Raguzës iu përgjegj pozitivisht kërkesë së bashkisë së Shkodrës për të importuar 5 mijë copë tjegulla për çatinë e kishës katedrale të Shën Shtjefnit. Nje vit më parë, më 1402, shkodranët i imponuan Republikës së Venedikut të kalonte në favor të kishës një pjesë të të ardhurave nga doganat e Shirgjit, që zotërohej atë kohë prej saj. Vetë papati interesohej për gjëndjen e katedrales së Shkodrës, ku, siç thuhej, ndodhnin mbrekulli të rralla në disa ditë të caktuara të vitit, dhe ku vinin pelegrinë nga gjithë Shqipëria e vendet përreth. Me qëllim që t’i siguronte të ardhura shtesë kapitullit (këshillit) të kishës së Shën Shtjfenit, më 1347 Papa Klementi VI i dha leje klerit të tij të shpërndante indulgjenca (dëshmi çmëkatimi), një prerogativë kjo që e kishte vetë kisha e Shën Pjetrit.
Në “Rrethimin e Shkodrës”, Marin Barleti rrëfen se luftëtarët shkodranë, nën flamurin e Shën Shtjefnit, niseshin pikërisht nga sheshi i katedrales së tyre në betejë kundër rrethuesve osmanë. Sipas legjendës, me pushtimin e Shkodrës, më 1479, ikona e Shën Mërisë e la vendin e saj në altarin e kishës së Shën Shtjefnit, dhe i priu turmave të shqiptarëve që u hodhën në brigjet e Italisë. Sot e kësaj dite ajo ruhet në kishën e Shën Mërisë, në Xhenacano, pranë Romës. Kësaj ikone iu fal më 1990, para vizitës së saj të parë në Tiranë, shqiptarja e madhe Gonxhe Bojaxhi, alias Nënë Tereza.
Me vendosjen e pushtimit osman, si shumë tempuj të tjerë, edhe kisha e Shën Shtjefnit u transformua në xhami. Por struktura e saj origjinale nuk pësoi ndryshime thelbësore, nëse përjashtohet ndërtimi i mëvonshëm i minares. Në vitin 1685 një vizitor apostolik nga Roma konstatonte me habi se në kishën-xhami të kalasë së Rozafës ruhej ende e paprekur një organo e vjetër. Copëza të afreskeve të hershme ruhen akoma deri në ditët tona. Kisha, “e konvertuar” në xhami, i shërbeu për ca kohë si vend falje garnizonit osman të vendosur në kështjellë, ndërkohë që tempuj të madhërishëm të fesë islame lindnin jashtë mureve të Rozafës, aty ku do të shtrihej qyteti modern i Shkodrës. Ndërkohë ish-katedralja e Shkodrës e humbi edhe rolin e saj të ri si xhami, ndrroi destinacion dhe deri në fund të sundimit osman shërbeu si depo baruti. Kalaja u braktis përfundimisht në vitin 1865 nga administrata e qytetit, por duke ruajtur edhe në vitet në vazhdim një rol të rëndësishëm mbrojtës për qytetin që tashmë kishte ndryshuar shtrirjen e tij që nga Shek.XVIII. /Monuments of Albania
