Në 15 stator 1902, Esat Pashë Toptani emërohet komandant xhandarmërie në Shkodër. Kur shqiptarët, të cilët dolën fitimtarë në Shkup, arritën ta detyronin Dhomën të shpërbëhej dhe përgatitën formimin e qeverisë liberale të Myftar Pashës. Esadi u shkarkua nga posti paraardhës dhe u emërua komandant i rezervistëve në Shkodër dhe me këtë detyrë ai mori pjesë në luftën kundër serbo-malazesve, që rrethuan qytetin e Shkodrës (1912-1913).
Komandant i forcave të Shkodrës ishte koloneli Hasan Riza Pasha i konsideruar inteligjent e i paanshëm, dhe duke e kuptuar se shqiptarët (të mërzitur nga regjimi turk) do t’i ndihmonin malazezët, ai hartoi projektin për të ngritur flamurin shqiptar në Kështjellën e Shkodrës, me qëllim që të gruponte shqiptarët dhe t’i bënte ata të marshonin kundër agresorit sllav ose të paktën për të siguruar asnjanësinë e tyre.
Në fakt, pavarësia e Shqipërisë u shpall në Vlorë (28 nëntor 1912) dhe ishte fjala të bindeshin malësorët (malësorë të rrethinave të Shkodrës) se çështja e këtij qyteti ishte çështje e tyre. Në çastin kur Hasan Rizai do ta zbatonte këtë projekt dhe se ishte gati të merrej vesh me malësorët, ai u vra në mbrëmje përpara shtëpisë së Esad Toptanit, tek i cili ai sapo kishte qenë për darkë. Vrasësi ishte Osman Bali, shërbëtor dhe njeri besnik i Esadit.
Për të shpjeguar këtë krim, duhet ditur se Hasan Riza ishte një kundërshtar i komitetit “Bashkim e përparim” dhe se ai donte të vinte kandidaturën e tij në Bagdad si deputet liberal. Nga ana tjetër, shefi i shtatmadhorisë së tij, nënkoloneli Kiameran ishte, së bashku me disa oficerë të tjerë, një fanatik unionist; Esadi donte të shpëtonte nga Hasan Rizai, për ta zëvendësuar vetë atë ndërsa Kiemerani ishte i kënaqur të hiqte qafe një armik të partisë së tij; Esadi dhe Kiamerani u morën vesh deri në fund, domethënë deri në kapitullimin e qytetit, gjë që ndodhi në vitin 1913.
Thuhej se Shkodrës i mungonin ushqimet por, nga ana tjetër, të rrethuarit ishin paralajmëruar se serbët që mbanin të rrethuar qytetin, në bashkëpunim me malazezët, sapo ishin larguar: pra ata ndodheshin përballë forcash të reduktuara dhe, për më tepër, komondantit që mbante rrethimin i ishte dorëzuar ultimatumi i Fuqive të Mëdha për ta hequr ai vetë atë.
Esadi, pra, kishte shumë mundësi ta zgjaste rezistencën edhe për disa ditë, por ai parapëlqeu të kapitullojë duke u mjaftuar të shpëtojë nderin e tij ushtarak. Por qysh nga ajo periudhë ka pasur zëra se gëzimi i Esadit kishte shkaqe të tjera nga ato të “Ndereve” ushtarake dhe se një shumë prej 600 000 frangash iu dha nga malazezët. Gjithashtu mbreti Nikita e princi Danillo e ndihmuan në ambicjet e tij personale; po ditën e kapitullimit të qytetit, malazestë përhapën zëra se Esadi e kish shpallur veten mbret i Shqipërisë.
Megjithatë Esad bej Toptani u mjaftua dhe u tërhoq në Tiranë, me ushtarë dhe topa që i solli nga Shkodra.